發展歷史
我國微生物的生產始于20世紀50年代，至今有50余年歷史。經歷4個發展階段。
1、第一階段為20世紀50年代初期
當時生產的產品以根瘤菌接種劑為主，如大豆、花生、紫云英根瘤菌劑，應用面積不大。
2、第二階段為20世紀50年代末期
當時生產的產品除根瘤菌接種劑以外，還有其他細菌和放線菌劑，如自生固氮菌劑、解磷（巨大芽孢）細菌制劑、5406放線菌劑等。生產管理落后，持續時間短。
3、第三階段為20世紀60-70年代
生產仍以土法生產，群眾運動為主。產品各類不少，但質量不高，維持時間不長。
4、第四階段為20世紀80年代至今
其間發展經歷無序發展、有序發展和創意發展3個時期。實際上從無標準、無行業管理、市場混亂和宣
傳夸大，甚至誤導、欺詐。農業部于1994正式頒布了第一個微生物肥料標準，1996年正式將微生物肥料納入生產資料登記管理。產品品種發展較快，質量逐步提高，應用效果逐步得到農民認可。
目前現狀
現在農業生產上除了有機肥和化肥以外，市場上還有一類微生物肥料。微生物肥料也叫菌肥。它是將自然界固氮菌、解磷菌和解鉀菌復合在一起，經過特殊工藝、科學配方、組合加工而成的一種無公害、具有一定活菌數的復合生物肥。
從概念里應該大家也發現了，所謂的微生物肥料，就是由微生物菌種構成，本身是不含氮、磷、鉀等養分的，但是它們通過所含菌種的一系列活動可以起到固定空氣中的氮素，分解土壤中有機態的磷、鉀養分，供給作物吸收利的作用。這就讓生物肥料在目前農業生產中也占有一定的位置。
早期的生物肥料叫細菌肥料。相當于現在我們說的微生物菌劑，就是一種純生物制劑，不加任何化肥和有機肥料。如固氮的根瘤菌劑，解磷的磷菌劑和解鉀的硅酸鹽菌肥等，現在我們說的微生物肥料除了具有復合菌的功能外，通常還會與有機肥或化肥復配。這樣的微生物肥料，依然是一種輔助性肥料，產品中的微生物作用不可忽視，還應具有生物菌劑與養分的雙重綜合。只有這個的微生物肥料才是值得施用的肥料。
所以在對待微生物肥料的時候應該要正確的去選擇，不要盲目的采用，也不可盲目的排斥。這類產品的選擇還是應以作物生長環境去進行綜合考慮。例如，我們的土壤中含氮量本身已足夠高，就無需利用生物固氮增加作物的氮元素吸收。還比如，土壤中如果本身磷含量就不足，那么我們利用生物解磷也是達不到磷元素提高的目的的。
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